Victor Baltard en charge des églises parisiennes confie au peintre Hippolyte Flandrin et à l’ornemaliste Alexandre Denuelle un projet global de décor des intérieurs de l’ancienne église de Saint-Germain-des-Prés, après les destructions révolutionnaires. Né de leur rencontre à Rome à l’Académie de France sous le directorat d’Ingres et de leur passion pour la peinture à la fresque, ce décor est réalisé à la peinture à la cire selon les techniques antiques idéalisées, retrouvées sur les grands antiques en Italie et en Grande Grèce. Voulu comme une restauration d’un ancien décor médiéval, le grand décor peint de Saint- Germain-des-Prés doit être perçu comme une création exceptionnelle, la critique contemporaine le jugeant comme le chef d’œuvre d’Hippolyte Flandrin. Ce décor manifeste aussi le rêve des architectes du 19e siècle d’édifices historiques ou contemporains qui ne peuvent être imaginés autrement que colorisés. Décor oublié, il aurait du disparaître en 1960 en même temps que les Halles de Baltard. La mobilisation des historiens de l’art et de Bruno Foucart, ont fait de Saint Germain-des-Prés le fondement de la redécouverte des décors religieux du 19e siècle.
Le projet de restauration est conduit pour la Ville de Paris et le Ministère de la Culture avec la mobilisation exceptionnelle du fonds de dotation créé par la paroisse. Engagée depuis 2016, la restauration des grands décors peints à la cire par Hippolyte Flandrin et Alexandre Denuelle a permis en 2019 la redécouverte de la nef. La composition «typologique» compare l’Ancien et le Nouveau Testament, pour une colorisation totale de l’architecture médiévale, rêve du 19e siècle réinventant le grand modèle de la chapelle Supérieure d’Assise.

